“National Treasure: Book of Secrets”taki olaylar, eski ABD başkanlarından Abraham Lincoln’e suikast düzenleyen John Wilkes Booth’un günlüğünden kaybolan 18 sayfanın çevresinde döner. Kaybolan bu 18 sayfada, Lincoln’e yönelik suikaste Ben Gates’in atalarından birisinin de karıştığının yazılı olduğu söylentileri vardır. Büyük büyük dedesini temize çıkartmak isteyen Ben Gates, yüzyıllardan beri bir ABD Başkanından diğerine aktarılarak bugüne ulaştığı söylenen Sırlar Kitabı adlı gizli belgeyi bulması gerektiğini keşfeder. Bu arada olayların gelişimi sonucunda ABD Başkanını da (Bruce Greenwood) kaçırması gerekecektir.
